組成蛋白質(zhì)的大部分氨基酸是以埃姆登-邁耶霍夫（Embden-Meyerhof）途徑與檸檬酸循環(huán)的中間物為碳鏈骨架生物合成的。例外的是芳香族氨基酸、組氨酸，前者的生物合成與磷酸戊糖的中間物赤蘚糖-4-磷酸有關(guān)，后者是由ATP與磷酸核糖焦磷酸合成的。微生物和植物能在體內(nèi)合成所有的氨基酸，動物有一部分氨基酸不能在體內(nèi)合成（必需氨基酸）。

必需氨基酸一般由碳水化合物代謝的中間物，經(jīng)多步反應(yīng)（6步以上）而進(jìn)行生物合成的，非必需氨基酸的合成所需的酶約14種，而必需氨基酸的合成則需要更多的，約有60種酶參與。

生物合成的氨基酸除作為蛋白質(zhì)的合成原料外，還用于生物堿、木質(zhì)素等的合成。另一方面，氨基酸在生物體內(nèi)由于氨基轉(zhuǎn)移或氧化等生成酮酸而被分解，或由于脫羧轉(zhuǎn)變成胺后被分解。