慢性扁桃體炎的病因主要是反復發(fā)作急性扁桃體炎，使機體抵抗力降低，細菌易在隱窩內(nèi)繁殖，誘致慢性扁桃體炎的發(fā)生和發(fā)展，也可繼發(fā)于某些急性傳染病之后，如猩紅熱、白喉、流感、麻疹等。

肥大型扁桃體炎常與體質(zhì)有關，故可依家族性方式出現(xiàn)。據(jù)多家醫(yī)院的扁桃體的細菌培養(yǎng)統(tǒng)計，常見的感染病原體主要是金黃色葡萄球菌、草綠色鏈球菌、乙型溶血性鏈球菌等。慢性扁桃體炎時，隱窩內(nèi)上皮壞死脫落，細菌及炎性滲出物聚集其中，隱窩可產(chǎn)生小潰瘍及瘢痕形成，而引流不暢，適于細菌生長繁殖，故感染不易消除。加之屢發(fā)急性扁桃體炎，使機體抵抗力降低或治療不徹底，則更易轉(zhuǎn)為慢性。

本病發(fā)生機理尚不清楚，但基于免疫學的觀點，認為自身變態(tài)反應為引起慢性扁桃體的重要機制。病理類型主要分為：增生型（為淋巴組織增生）；纖維型或稱萎縮型（扁桃體間質(zhì)內(nèi)纖維組織增生）；隱窩型（病變深居扁桃體隱窩內(nèi)，扁桃體隱窩及淋巴濾泡有明顯慢性炎癥表現(xiàn)，如隱窩內(nèi)有由大量脫落上皮、細菌、淋巴細胞和白細胞積聚形成膿栓）。