凌晨三點咳嗽有可能是慢性咽炎、咳嗽變異性哮喘、支氣管炎、肺炎、肺結核等原因所導致的，還會伴隨咽喉部不適。

1、慢性咽炎：可能是受到炎癥感染所引起的，會導致咽喉部黏膜處于充血和水腫的狀態(tài)，晚上的時候天氣比較干燥，飲水量比較少，有可能會導致凌晨咳嗽的癥狀加重。需要在醫(yī)生指導下使用清喉利咽顆粒、甲硝唑片、羅紅霉素分散片等藥物治療，具有消炎和清喉利咽的效果。

2、咳嗽變異性哮喘：有可能是接觸過敏性物質(zhì)所引起的咳嗽，比如動物、毛發(fā)花粉等，需要在醫(yī)生指導下使用氯雷他定片、鹽酸西替利嗪片、馬來酸氯苯那敏片等藥物治療，具有抗組胺的作用。

3、支氣管炎：可能是支氣管受到細菌、病毒感染、支原體感染、衣原體感染等所導致的，會導致支氣管黏膜受損，也會誘發(fā)刺激性的咳嗽。需要在醫(yī)生指導下使用利巴韋林片、鹽酸伐昔洛韋片、阿奇霉素分散片等藥物治療，具有抗病毒和消炎的效果。

4、肺炎：這屬于一種肺部感染性疾病，是病原體侵犯肺實質(zhì)，造成肺泡腔內(nèi)出現(xiàn)滲出物，有可能會誘發(fā)凌晨咳嗽和咳痰、胸悶等癥狀。需要在醫(yī)生指導下使用鹽酸左氧氟沙星膠囊、復方鮮竹瀝液、蜜煉川貝枇杷膏等藥物治療，具有潤肺止咳和消炎的作用。

5、肺結核：可能是肺部受到結核分枝桿菌感染所引起的，會導致肺部功能減弱，引起凌晨或者是白天咳嗽。需要在醫(yī)生指導下使用利福平片、鹽酸乙胺丁醇片、異煙肼片等藥物治療。

患者在治療期間要多喝溫水，能夠達到潤喉的作用，對于咳嗽的恢復能夠起到幫助，還需要定期到醫(yī)院做相關復查。