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Illumina 測(cè)序儀進(jìn)行二代測(cè)序，主要包括樣本制備、文庫構(gòu)建、橋式擴(kuò)增、測(cè)序反應(yīng)和數(shù)據(jù)分析等步驟。 1. 樣本制備：對(duì)提取的 DNA 或 RNA 進(jìn)行質(zhì)量檢測(cè)和處理，去除雜質(zhì)和污染物。 2. 文庫構(gòu)建：將處理后的核酸片段化，并連接特定的接頭序列。 3. 橋式擴(kuò)增：在芯片表面形成橋式結(jié)構(gòu)，進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增，以增加信號(hào)強(qiáng)度。 4. 測(cè)序反應(yīng)：加入熒光標(biāo)記的核苷酸，通過激光激發(fā)和檢測(cè)熒光信號(hào)獲取序列信息。 5. 數(shù)據(jù)分析：對(duì)獲取的大量數(shù)據(jù)進(jìn)行處理和解讀，去除低質(zhì)量數(shù)據(jù)，與參考基因組比對(duì)等。 總之，Illumina 測(cè)序儀的二代測(cè)序是一個(gè)復(fù)雜但精確的過程，每個(gè)步驟都需要嚴(yán)格控制條件和質(zhì)量，以確保獲得準(zhǔn)確可靠的測(cè)序結(jié)果。

（1）文庫制備，將DNA用霧化或超聲波隨機(jī)片段化成幾百堿基或更短的小片段。用聚合酶和外切核酸酶把DNA片段切成平末端，緊接著磷酸化并增加一個(gè)核苷酸黏性末端。然后將Illumina測(cè)序接頭與片段連接?！　。?）簇的創(chuàng)建，將模板分子加入芯片用于產(chǎn)生克隆簇和測(cè)序循環(huán)。芯片有8個(gè)縱向泳道的硅基片。每個(gè)泳道內(nèi)芯片表面有無數(shù)的被固定的單鏈接頭。上述步驟得到的帶接頭的DNA片段變性成單鏈后與測(cè)序通道上的接頭引物結(jié)合形成橋狀結(jié)構(gòu)，以供后續(xù)的預(yù)擴(kuò)增使用。通過不斷循環(huán)獲得上百萬條成簇分布的雙鏈待測(cè)片段?！　。?）測(cè)序，分三步：DNA聚合酶結(jié)合熒光可逆終止子，熒光標(biāo)記簇成像，在下一個(gè)循環(huán)開始前將結(jié)合的核苷酸剪切并分解?！　。?）數(shù)據(jù)分析。