此病最常見的癥狀是痛經(jīng)，病人中大約有1/3的患者有程度不等的痛經(jīng)。有些病人會因腸道、膀胱或神經(jīng)被壓迫而出現(xiàn)局部性盆腔疼痛，或是抱怨性交不快，尤其是子宮頸或陰道受侵害的病人，可能會有性交痛、便秘以及大便痛的癥狀。

偶爾，輕微的病變會引起較重的疼痛，但嚴(yán)重的病變卻可以無病癥出現(xiàn)，許多臨床醫(yī)師常為這種不一致的現(xiàn)象所困擾，這很大程度上與發(fā)病部位有關(guān)。子宮內(nèi)膜異位的囊腫可造成血液滲出，造成化學(xué)性腹膜炎，而引起嚴(yán)重的腹痛，這種情況與宮外孕破裂和闌尾炎穿孔有類似的臨床癥狀，故有學(xué)者指出，10%的患者會出現(xiàn)急性癥侯，需要開腹探查性的診斷及治療。

此癥若擴及到腸道，發(fā)生部分性腸梗阻，也會有絞痛現(xiàn)象；若病變蔓延到陰道或子宮頸，則可能出現(xiàn)陰道分泌物及性交后出血；

若發(fā)生在子宮骶骨韌帶或直腸陰道中隔，則可觸到小而堅硬的結(jié)節(jié)；若侵犯到直腸或膀胱，則月經(jīng)來潮時，可能同時發(fā)生大小便排血的現(xiàn)象；也有的病變會擴展到鼻粘膜或皮膚，每當(dāng)月經(jīng)期可出現(xiàn)鼻粘膜和皮膚局部充血發(fā)紅的現(xiàn)象，嚴(yán)重者可致出血。

此外，大約有75%的患者會有不孕癥出現(xiàn)。不孕的原因至今未明，可能與卵巢被膜粘連以及正常的排卵機制被干擾有關(guān)。子宮內(nèi)膜異位癥雖然也可能侵犯到輸卵管，但很少引起阻塞。