腎結(jié)核早期病變局限于腎皮質(zhì)，結(jié)核菌首先經(jīng)血行播散至腎小球毛細(xì)血管網(wǎng)并在此形成微小結(jié)核灶。其主要病理改變是結(jié)核結(jié)節(jié)和結(jié)核肉芽腫的形成，與其他組織、器官結(jié)核并無不同。此時(shí)病人雖然尿已呈酸性，有鏡下血尿，尿中偶能找到結(jié)核菌，但無臨床癥狀，尿路造影檢查亦正常。因此，早期腎結(jié)核又稱為病理型腎結(jié)核。

少數(shù)情況下因細(xì)菌數(shù)量大、毒性高而機(jī)體抵抗力弱，細(xì)菌可經(jīng)腎小球?yàn)V過后到達(dá)髓襻，或經(jīng)血運(yùn)到達(dá)腎髓質(zhì)。此時(shí)泌尿系結(jié)核癥狀病人開始出現(xiàn)臨床癥狀，稱為臨床型腎結(jié)核。其病理反應(yīng)主要位于腎髓質(zhì)及腎乳頭，表現(xiàn)為破壞性病理改變。

結(jié)核菌到達(dá)腎髓質(zhì)后大量繁殖，破壞周圍腎實(shí)質(zhì)。結(jié)核結(jié)節(jié)相互融合，中心發(fā)生干酪樣壞死、液化，形成閉合性膿腫；極少數(shù)嚴(yán)重者腎實(shí)質(zhì)大部或全部被膿腫取代，形成結(jié)核性膿腎或腎積膿。病變向腎外擴(kuò)展則產(chǎn)生腎周寒性膿腫或竇道。

隨著病情發(fā)展，腎出現(xiàn)病理性修復(fù)反應(yīng)，表現(xiàn)為纖維化和鈣化（鈣鹽沉著）。①纖維化：會(huì)造成腎內(nèi)動(dòng)脈狹窄、內(nèi)膜增厚，致使腎皮質(zhì)缺血、萎縮。腎盂和腎盞纖維化時(shí)，其管壁增厚、攣縮，導(dǎo)致腎盞頸或腎盂輸尿管連接處產(chǎn)生瘢痕性狹窄，而使得尿流不暢，腎盂、腎盞內(nèi)壓增高。②鈣化：多發(fā)生在膿腫表面，其內(nèi)部仍喊有大量結(jié)核菌。泌尿系結(jié)核癥狀病變晚期腎常因?qū)嵸|(zhì)破壞和瘢痕收縮而萎縮，表面高低不平，腎功能大部分、甚至完全喪失。

輸尿管結(jié)核最常見于下段，尤其是輸尿管膀胱連接處，其次是上段，中段很少見，少數(shù)情況下可雷界輸尿管全程。

膀胱結(jié)核最先出現(xiàn)在同側(cè)輸尿管開口附近，最初表現(xiàn)為粘膜充血、水腫等一般炎性反應(yīng)，并有水皰樣改變，粘摸下常形成結(jié)核結(jié)節(jié)。病情進(jìn)一步發(fā)展可出現(xiàn)潰瘍、肉芽腫和纖維化。晚期病變深達(dá)肌層，導(dǎo)致逼尿肌纖維化而失去伸縮功能。