根據病史、體征、放射線和心電圖檢查，再結合心導管檢查和心血管造影，診斷室間隔缺損甚困難。然而確立診斷時，應與下列疾病鑒別。

1、肺動脈狹窄 室間隔小缺損，尤其位于室上嵴和肺動脈瓣之間或肺動脈干下者，很易與肺動脈狹窄混淆，特別是瓣膜型狹窄。但后者的震顫和雜音的部位較高，肺動脈瓣區(qū)第二心音減弱，放射線照片顯示肺動脈狹窄后擴張和肺紋理減少。

2、動脈導管末閉 有兩種情況不容易鑒別，一是高位窒間隔缺損合并主動脈瓣脫垂和關閉不全者，易與典型動脈導管未閉混淆。聽診前者為雙相收縮期和舒張期雜音，后者為連續(xù)性雜音；前者X線示主動脈結不明顯，后者主動脈結增大。二是動脈導管未閉伴有肺動脈高壓，僅有收縮期震顫和雜音者，與高位室間隔缺損鑒別較為困難。前者脈壓差較大，雜音位置較高，主動脈結顯著。較可靠的方法是超聲檢查、升主動脈及左室造影。

3、繼發(fā)孔型房間隔缺損 低位房間隔缺損，其雜音可位于胸骨左緣第2肋間，聲音柔和像吹風樣，傳導局限，常伴肺動脈第二心音固定分裂。心電圖示不完全右束支傳導阻滯或右心室肥大，而無左心室肥大，額面QRS環(huán)多為順鐘向運行，主體部向右向下。V1導聯常呈rsR'。多普勒超聲心動圖可明確診斷。

4、完全性心內膜墊缺損 癥狀較室間隔缺損嚴重且更早出現嚴重的肺動脈高壓。在心尖部?？陕牭接捎诙獍攴戳鞫鸬氖湛s期雜音。超聲心動圖檢查可明確診斷。

5、法洛四聯癥 當患者肺動脈壓力重度增高，出現艾森曼格綜合征時，應與此類發(fā)紺型先天性心臟病相鑒別。