原發(fā)性肺動脈高壓的基本病變是致叢性肺動脈病，迄今其病因不明，沒有一個單一因素可解釋其發(fā)病過程，很可能是某些因子長期共同作用的最終結果。 肺動脈高壓的發(fā)生是個非常復雜的過程，有些患者患病的原因不明；一些患者是因為遺傳因素；還有一些患者則是因為一些特殊的疾病。

1、肺血栓栓塞

最初病理發(fā)現(xiàn)，臨床診斷的原發(fā)性肺動脈高壓患者約半數(shù)是慢性肺血栓栓塞，但以后的研發(fā)現(xiàn)，組織學上血栓栓塞性肺動脈高壓不同于致叢性原發(fā)性肺動脈高壓。

2、血管收縮

叢樣病變形成是原發(fā)性肺動脈高壓最終的血管形態(tài)學改變，而其早期為小動脈中層肥厚和無平滑肌的細動脈肌型化，這提示血管收縮可能是原發(fā)性肺動脈高壓的初始機制。某些原發(fā)性肺動脈高壓肺血管平滑肌細胞KV通道缺失或下調(diào)，提示鉀通道異?？赡茉谠l(fā)性肺動脈高壓中起一定作用。

3、自身免疫性疾病

原發(fā)性肺動脈高壓者，29%-40%循環(huán)抗核抗體陽性，11%合并雷諾現(xiàn)象，提示部分與自身免疫性疾病有關。

4、家族因素

最近幾年的基因研究，認為家族性原發(fā)性肺動脈高壓的特征是常染色體占優(yōu)勢的疾病，伴不完全的外顯率和基因早現(xiàn)遺傳。

5、與妊娠和月經(jīng)周期有關的因素

原發(fā)性肺動脈高壓經(jīng)常在孕期被首先發(fā)現(xiàn)，妊娠過程血流動力學改變加重；月經(jīng)周期可影響體血管的反應性，是否也影響肺血管尚不清楚。

6、藥物與飲食

有些人可能是遺傳易感或與常用藥同用有關。

7、肝硬化和門脈高壓

肝硬化與原發(fā)性肺動脈高壓同時發(fā)生，可能是自身免疫過程的一部分。