生殖器皰疹-1通常由呼吸道、消化道及皮膚粘膜密切接觸感染。所以生殖器皰疹-1常潛伏在三叉神經(jīng)根和頸上神經(jīng)節(jié)內(nèi)。故臨床所見主要是顏面部位的皰疹，生殖器皰疹-2主要因性行為傳播，生殖器接觸而感染，所以生殖器皰疹-2則常潛伏在骶神經(jīng)節(jié)內(nèi)，故臨床主要表現(xiàn)為生殖器皰疹?；颊哐鍖W(xué)均為陽性，可終生有泌尿生殖道生殖器皰疹間歇性活動。

感染最初階段，病毒先在神經(jīng)節(jié)及與之相接觸的神經(jīng)組織內(nèi)復(fù)制，然后通過感覺神經(jīng)到達其未稍而使與之相關(guān)的皮膚、粘膜表面發(fā)生皮損。病毒從外周感覺神經(jīng)擴散到皮膚、粘膜，這一情況，可以解釋表皮大面積受感染和遠離原發(fā)部位新病損發(fā)生的原因。原發(fā)性生殖器皰疹感染病人常有這些特點，而且從遠離接種部位的神經(jīng)組織中發(fā)現(xiàn)病毒。初次發(fā)病臨床癥狀消退后，在神經(jīng)內(nèi)不再分離到感染性病毒。在細胞表面也檢不出病毒蛋白。各種刺激因素，如免疫抑制、勞累、感染、精神創(chuàng)傷以及皮膚神經(jīng)節(jié)創(chuàng)傷等都可引起病毒復(fù)活。