淋菌性肛門直腸炎主要通過患者的臨床表現和實驗室淋球菌檢查進行診斷。檢查手段包括：

1、涂片檢查

取患者尿道分泌物或宮頸分泌物，作革蘭氏染色，在多形核白細胞內找到革蘭氏陰性雙球菌，涂片對有大量膿性分泌物的單純淋菌性前尿道炎患者，此法陽性率在90%左右，可以初步診斷。

咽部涂片發(fā)現革蘭氏陰性雙球菌不能診斷淋病，因為其他奈瑟菌屬在咽部是正常的菌群，另外對癥狀不典型的涂片陽性應作進一步檢查。

2、培養(yǎng)檢查

淋球菌培養(yǎng)是診斷的重要佐證，培養(yǎng)法對癥狀很輕或無癥狀的男性、女性病人都是較敏感的方法，只要培養(yǎng)陽性就可確診。在基因診斷問世以前，培養(yǎng)是世界衛(wèi)生組織推薦的篩選淋病的唯一方法，培養(yǎng)陽性率男性80%-95%，女性80-90%。