阿米巴結腸炎的發(fā)病原因是溶組織內阿米巴原蟲感染。近年來有人報道溶組織內阿米巴原蟲中，有些無致病力，可以在某些人腸道中長期存活而不引起癥狀。無致病力的蟲株具有與有致 病力蟲株不同的表面抗原成分，而且亦不產生蛋白溶解酶，其宿主血中亦不產生相應的抗體。溶組織阿米巴原蟲在其生活史中出現(xiàn)滋養(yǎng)體及包囊期兩種不同形態(tài)。

包囊被人食入后，可無損地通 過胃及小腸上段，到小腸下段經胰蛋白酶消化，具有4個核的成熟包囊，可脫囊而出成為小滋養(yǎng)體 （直徑7～20μm），寄生在腸腔中，以細菌為食物，不損傷腸壁組織，二均分裂繁殖，在缺氧的回 盲部生長良好。在機體抵抗力不足或局部腸黏膜有損傷時，小滋養(yǎng)體可變?yōu)榇笞甜B(yǎng)體（直徑20～40 μm），能分泌溶組織酶破壞腸壁組織，侵入腸黏膜及黏膜下層，大量繁殖，形成局限性黏膜下膿腫，內容主要為壞死性物質，膿腫破裂，形成燒瓶樣潰瘍。

潰瘍與潰瘍之間的黏膜基本正常，這一點與細菌性痢疾顯然不同。當機體抵抗力增強時，大滋養(yǎng)體可變?yōu)樾∽甜B(yǎng)體，并可進一步變?yōu)?包囊（直徑10μm左右），隨糞便排出體外。在涼爽潮濕的環(huán)境中可生存2～4周，冰箱中可生活6～7 周，但不耐熱，50℃ 5min即死亡。只有4個核的成熟包囊，才有傳染性，1～2個核的未成熟包囊 無傳染性，但在合適的外界環(huán)境中，可以發(fā)育成4個核的包囊。大小滋養(yǎng)體如排出體外，均很快死 亡。如病程拖久，腸壁組織的破壞和結締組織增生同時進行，可致腸壁肥厚，腸腔狹窄，偶可因 結締組織過度增生而形成“阿米巴瘤”。