正常陰道內(nèi)寄生著乳酸桿菌，鏈球菌，表皮葡萄球菌，陰道加特納菌及大腸桿菌以及厭氧的消化鏈球菌屬、消化球菌、厭氧乳酸桿菌、類桿菌等，這些菌保持一定的比例，維系著陰道內(nèi)生態(tài)平衡。正常婦女陰道分泌物中每毫升有106個(gè)菌落形成單位。

正常育齡婦女，在內(nèi)分泌激素的作用下，陰道上皮細(xì)胞增生，其表層細(xì)胞含有豐富的糖原，非常有利于兼氧乳酸桿菌的生長(zhǎng)，這種細(xì)菌占陰道的90%以上。這種乳酸桿菌大量存在，就抑制了其他致病菌的生長(zhǎng)。在陰道形成了一個(gè)正常的生態(tài)平衡。

當(dāng)人體雌激素水平下降，導(dǎo)致陰道上皮萎縮，細(xì)胞糖原減少，不利于乳酸桿菌生長(zhǎng)。大量使用抗生素或用堿性液體過度沖洗陰道，抑制乳酸桿菌的生長(zhǎng)。性亂，性交頻繁（因精液pH為7.2-7.8）等導(dǎo)致致病性厭氧菌和加特納菌大量繁殖，引起陰道微生物生態(tài)平衡失調(diào)。兼氧性乳酸桿菌減少。最終導(dǎo)致細(xì)菌性陰道病。

由于厭氧菌產(chǎn)生的脫羧酶，可激發(fā)加特納菌產(chǎn)生某種氨基酸，產(chǎn)生揮發(fā)性胺類，釋放出難聞的魚腥臭味，胺類使pH值升高，又抑制乳酸桿菌繁殖，粘附有細(xì)菌的陰道表皮細(xì)胞脫落，使陰道分泌物增加，從而導(dǎo)致本病。由于菌群紊亂，陰道炎癥并不明顯，分泌物中白細(xì)胞減少，因此稱細(xì)菌性陰道病比陰道炎更恰當(dāng)。