疼痛通常發(fā)生在下腹，但有時可擴展到腰既部及直腸、肛門附近，或有性交疼痛，痛經(jīng)程度因人而異。少數(shù)患者的巧克力囊腫可在行經(jīng)期間發(fā)生自然破裂，產(chǎn)生突發(fā)性臍周或下腹劇痛，合并有嘔吐、肛門墜脹等。續(xù)發(fā)性、進行性加重的痛。經(jīng)是本病的特征。

由于異位的"子宮內(nèi)膜病灶局部水腫、出血，刺激腹膜，放出現(xiàn)疼痛 大約70-80%的患者在月經(jīng)來潮幾年后，出現(xiàn)一年比一年重的痛經(jīng)。一般在月經(jīng)前1-2天即開始出現(xiàn)下腹墜痛或腰骶部墜脹、肛門脹憋有排便感，經(jīng)期第二天達高峰。痛經(jīng)嚴重者影響日常生活，不能堅持工作，甚至痛得"滾炕"或"撞頭"，痛經(jīng)的癥狀隨月經(jīng)結(jié)束而消失。