猴頭菇在栽培過(guò)程中，常由于通氣不良，水分管理不當(dāng)，或溫度過(guò)高，濕度偏低等原因，引起子實(shí)體發(fā)育不良產(chǎn)生畸形。如生長(zhǎng)中片面強(qiáng)調(diào)濕度，通風(fēng)透氣差，二氧化碳濃度超過(guò)0.1%時(shí)，就會(huì)不斷刺激子實(shí)體基部產(chǎn)生分枝，形成珊瑚狀，以致不能形成球狀子實(shí)體，影響產(chǎn)品質(zhì)量。若遇25℃以上的高溫，加上空氣濕度低時(shí)，則易出現(xiàn)不長(zhǎng)菌刺的光禿形子實(shí)體。

防止和克服畸形猴頭菇的主要辦法是：出現(xiàn)珊瑚狀子實(shí)體時(shí)，應(yīng)加強(qiáng)通風(fēng)透氣，促進(jìn)子實(shí)體健壯生長(zhǎng)，其癥狀就能很快消除，對(duì)已形成珊瑚狀的幼蕾，應(yīng)立即將它連同表面的一層培養(yǎng)料一起挖去，條件適宜就能長(zhǎng)出正常的子實(shí)體。產(chǎn)生光禿形于實(shí)體時(shí)，則要加強(qiáng)水分管理，采用向空間噴霧化水或地面灑水；以降低溫度和補(bǔ)充水分。此外，由于菌種傳代次數(shù)過(guò)多，種性退化，產(chǎn)生畸形猴頭菇時(shí)，應(yīng)采取提純復(fù)壯，培育優(yōu)良菌種，提高種性和純度。