先天性巨結(jié)腸癥的受累腸段可以見到典型的改變，即明顯的狹窄段和擴(kuò)張段，狹窄段位于擴(kuò)張段遠(yuǎn)端，一般位于直腸乙狀結(jié)腸交界處以遠(yuǎn)，距肛門7～10cm以內(nèi)，狹窄腸管細(xì)小，與擴(kuò)大腸管直徑相差懸殊。其表面結(jié)構(gòu)無甚差異，在與擴(kuò)大結(jié)腸連接部形成漏斗狀的移行區(qū)（即擴(kuò)張段遠(yuǎn)端移行區(qū)），此區(qū)原屬狹窄段，由于近端腸管的蠕動，推擠腸內(nèi)容物向前移動，長期的擠壓促使狹窄段近端腸管擴(kuò)大成漏斗形，擴(kuò)張段多位于乙狀結(jié)腸，嚴(yán)重者可波及橫結(jié)腸。

該腸管異常擴(kuò)大，其直徑較正常增大2～3倍，最大者可達(dá)10cm以上，腸壁肥厚，質(zhì)地堅韌如皮革狀，腸管表面失去紅潤光澤，略呈蒼白，結(jié)腸帶變寬而肌紋呈縱行條狀被分裂，結(jié)腸袋消失，腸蠕動極少，腸腔內(nèi)含有大量積糞，偶能觸及糞石，切開腸壁見原有的環(huán)形肌，縱形肌失去正常比例（2.2∶1），甚至出現(xiàn)比例倒置，腸壁厚度為狹窄段2倍，腸黏膜水腫，光亮，充血而粗糙，觸之易出血，有時可見有淺表性潰瘍。

先天性巨結(jié)腸癥的主要病理改變位于擴(kuò)張段遠(yuǎn)端的狹窄腸管，狹窄段肌間神經(jīng)叢（Auerbach叢）和黏膜下神經(jīng)叢（Meissner叢）內(nèi)神經(jīng)節(jié)細(xì)胞缺如，其遠(yuǎn)段很難找到神經(jīng)叢，神經(jīng)纖維增粗，數(shù)目增多，排列呈波浪狀，有時雖然找到個別的神經(jīng)節(jié)細(xì)胞，形態(tài)亦不正常，狹窄段近端結(jié)腸壁內(nèi)逐漸發(fā)現(xiàn)正常神經(jīng)叢，神經(jīng)節(jié)細(xì)胞也漸漸增多，黏膜腺體呈不同程度的病損，結(jié)腸固有膜增寬，并伴有淋巴細(xì)胞，嗜伊紅細(xì)胞，漿細(xì)胞和巨噬細(xì)胞浸潤，有時可見淺表性潰瘍。