阿米巴結腸炎的慢性病人可出現(xiàn)貧血和營養(yǎng)不良。此外腸壁組織在急、慢性期受到不同的 損害，可引起以下幾種合并癥。

1、腸穿孔造成腹膜炎

報告254例阿米巴痢疾病人，手術及尸解證明有腸穿孔者19例， 為7.48%。報道3013例中97例發(fā)生了腹膜炎（3.2%），發(fā)生率雖不很高，但預后差。

2、阿米巴性闌尾炎

報告186例阿米巴病人的尸解中，40%有闌尾炎。報告60例中 26.67%合并有闌尾炎。發(fā)生率確實比較高。故在阿米巴病高發(fā)地區(qū)，許多急腹癥是由阿米巴性闌 尾炎或阿米巴性闌尾穿孔造成。

3、腸狹窄

慢性阿米巴結腸炎病人，腸壁組織增生、肥厚以及阿米巴肉芽腫形成，導致狹窄。少數(shù)病人甚至形成腸梗阻而需手術治療。

4、阿米巴瘤

報告的3013例病人中，15例發(fā)生了阿米巴瘤（0.5%）。

5、非特異性潰瘍性結腸炎

阿米巴原蟲已被徹底消滅，轉變成非特異性潰瘍性結腸炎。 

此外比較少見的還有腸道大出血、腸息肉及腸套疊等。