一、乙型肝炎病毒有著堅硬的蛋白質(zhì)外殼，可以起到保護病毒的作用，因此，治療肝炎的藥物很難直接對病毒產(chǎn)生作用，必須依賴人體自身的免疫功能。

二、乙型肝炎病毒是在肝臟細胞內(nèi)進行復(fù)制，而治療藥物必須是小分子物質(zhì)才能進入肝細胞內(nèi)，并發(fā)揮抵抗病毒的作用。

三、病毒在某些藥物作用下，會發(fā)生病毒基因變異，從而產(chǎn)生耐藥性或免疫逃避。因而在選擇治療藥物時應(yīng)當(dāng)慎重。

四、病毒在進入肝細胞后，隨著病程的延長，病毒的部分DNA可能與肝細胞的DNA發(fā)生整和，當(dāng)肝臟細胞的DNA復(fù)制時，病毒的基因也會一同復(fù)制，一旦發(fā)生這種現(xiàn)象，治療難度會明顯加大。

五、乙型肝炎病毒的復(fù)制方式與其他病毒不同，它會形成病毒復(fù)制的原始模板DNA，穩(wěn)定貯存在肝細胞核內(nèi)，而一般的抗病毒藥對模板沒有效果，因而患者在停藥后往往發(fā)生病情反復(fù)。