1、巧克力囊腫：這種卵巢囊腫的分型是指子宮內膜異位癥長在卵巢內，在卵巢內形成大量黏稠咖啡色像巧克力狀的液體。因為子宮內膜異位瘤會隨著時間增加而變大，漸漸侵蝕正常的組織，造成卵巢組織不可逆的損害。經過評估其嚴重性后，可能需要開刀處理。

2、漿液性上皮囊腫及黏液性上皮囊腫：在觀察三個月后，仍然存在的囊腫有可能是屬于上皮卵巢囊腫，而非功能性囊腫。這是因為具有分泌功能的漿液細胞及黏液細胞在排卵后被包埋在卵巢內，不斷的分泌液體形成囊腫。這種囊腫是不會消失的，需要開刀切除。這也是常見的卵巢囊腫的分型。

3、功能性囊腫：也稱為生理性囊腫，這類卵巢囊腫的分型在生殖年齡的女性當中相當普遍。異常量的液體聚集在濾泡內或黃體內，形成濾泡囊腫或黃體囊腫。這種功能性囊腫有時會很大，但不管用藥與否，通常會在三個月內自行消失。

4、出血性囊腫：大部分的情況下出血性卵巢囊腫會復原，因此可以先行觀察，不一定需要藥物或手術治療，但有時候出血性卵巢囊腫會合并腹腔內出血，甚至大量出血造成休克，此時就必須緊急手術治療。這是卵巢囊腫的分型中比較常見的一種。