輸卵管子宮內(nèi)膜異位癥可以發(fā)生在輸卵管兩個不同的解剖部位，并引起不同的后果。

（一）異位子宮內(nèi)膜位于輸卵管粘膜層 如病變位于輸卵管峽部或間質(zhì)部粘膜，管腔可以完全被子宮內(nèi)膜樣組織阻塞，使輸卵管正常功能喪失，這應(yīng)與子宮內(nèi)膜向輸卵管間質(zhì)部延伸相區(qū)別。后者不引起輸卵管腔的阻塞，僅使管腔輕微偏離中心，此為正常解剖學(xué)變異。輸卵管子宮內(nèi)膜異位癥粘膜上皮呈子宮內(nèi)膜樣分化，上皮下有子宮內(nèi)膜間質(zhì)細(xì)胞。在妊娠或外源性激素刺激下，間質(zhì)細(xì)胞可呈蛻膜變，上皮細(xì)胞可呈Arias-Stella反應(yīng)。輸卵管粘膜內(nèi)也可出現(xiàn)大量含鐵血黃素沉積，伴組織細(xì)胞反應(yīng)和纖維化，病變類似于卵巢巧克力囊腫。

（二）異位子宮內(nèi)膜位于輸卵管漿膜面 可導(dǎo)致反復(fù)病灶內(nèi)出血和纖維化，引起周期性腹痛，如因疤痕收縮引起輸卵管扭曲變形也可影響生育。

在輸卵管肌層見到腺體和子宮內(nèi)膜樣間質(zhì)細(xì)胞時，必須和峽部結(jié)節(jié)性輸卵管炎相鑒別。如除肌層外同時伴有漿膜面異位子宮內(nèi)膜組織，或者腺上皮幾乎完全缺乏纖毛細(xì)胞，形態(tài)類似子宮內(nèi)膜上皮，在腺體周圍有間質(zhì)細(xì)胞存在者，則應(yīng)診斷輸卵管子宮內(nèi)膜異位癥。