瘧疾有一定的潛伏期，潛伏期因感染的瘧原蟲種類不同而異。惡性瘧平均為12天，三日瘧平均30天，間日瘧和卵形瘧平均14天，但間日瘧有時(shí)可長(zhǎng)達(dá)12個(gè)月以上。經(jīng)輸血傳播的瘧疾，其潛伏期的長(zhǎng)短與血中瘧原蟲的數(shù)量有關(guān)，3-41天不等，一般為7-14天。瘧疾臨床癥狀通常有以下四期：

1、前驅(qū)期：頭痛、全身酸痛、乏力、畏寒。

2、發(fā)冷期：手腳發(fā)冷，繼而寒戰(zhàn)、發(fā)抖、面色蒼白、口唇指甲發(fā)紺。體溫迅速上升、此期可持續(xù)10多分鐘至2小時(shí)。

3、發(fā)熱期：寒戰(zhàn)后全身發(fā)熱、頭痛、口渴，體溫可升至39oC或以上，有些病人可出現(xiàn)抽搐、此期可持續(xù)2-3小時(shí)。

4、出汗期：高熱后大汗淋漓，體溫迅速下降，此期可持續(xù)1小時(shí)以上。

典型的瘧疾發(fā)作表現(xiàn)為周期性的寒戰(zhàn)、發(fā)熱和出汗退熱三個(gè)連續(xù)階段。常見并發(fā)癥：貧血、脾腫大、兇險(xiǎn)型瘧疾、瘧疾性腎病等。 間歇發(fā)作的周期有一定規(guī)律性，如間日瘧為隔天發(fā)作一次，三日瘧為隔2天發(fā)作一次。每次發(fā)作都經(jīng)過(guò)寒戰(zhàn)、高熱，繼之大汗熱退的過(guò)程。一般較易與其他疾病相區(qū)別。但應(yīng)注意在發(fā)病初期及惡性瘧，其發(fā)作常不規(guī)則，使臨床診斷有一定困難。瘧疾反復(fù)發(fā)作后，多有貧血及脾腫大。腦型瘧多在瘧疾發(fā)作數(shù)日后 出現(xiàn)神志不清、抽搐和昏迷。如大量的紅細(xì)胞在血管內(nèi)溶解破壞 加之瘧原蟲本身及其釋放的毒素造成的貧血、黃疸，甚至發(fā)生急性腎功能衰竭 成為溶血尿毒綜合征，亦稱黑尿熱。此種情況又常為抗瘧藥物（如奎寧及伯氨喹）所誘發(fā) 對(duì)臨床表現(xiàn)酷似瘧疾，但多次血及骨髓檢查未發(fā)現(xiàn)瘧原蟲者，可試用抗瘧藥作診斷性治療 一般于24—48h后發(fā)熱被控制而不再發(fā)作。

嬰幼兒瘧疾急性發(fā)作無(wú)定型，寒戰(zhàn)期僅有四肢冰冷、臉色蒼白、口唇紫紺。發(fā)熱期雖有高熱，但仍四肢冰冷。常伴有嘔吐、腹瀉。退熱期大汗少見。貧血發(fā)展快， 脾腫大明顯。但一經(jīng)治療即可迅速恢復(fù)。先天性瘧疾母親產(chǎn)前感染瘧疾， 待新生兒生后5～6天內(nèi)發(fā)病，血中可找到與母親一樣的瘧原蟲。病死率高。