病原體通過飛沫、直接接觸等途徑傳入，平時隱藏在扁桃體小窩內(nèi)，當人體因勞累、受涼或其他原因而致抵抗力減弱時，病原體迅速繁殖而引起發(fā)病。炎癥自小窩開始，再遍及整個扁桃體。

急性炎癥時，扁桃體實質(zhì)內(nèi)充血，有多形核白細胞浸潤，在粘膜表面，可見黃白色斑點。

扁桃體明顯腫脹，并可形成多數(shù)小膿腫。小窩內(nèi)由纖維素、脫落上皮和膿細胞等組成的膿性滲出物向小窩口排出，故在扁桃體小窩口可見膿點。慢性炎癥的病理改變明顯，淋巴細胞、網(wǎng)狀細胞增生活躍，扁桃體肥大。

小窩粘膜上皮增厚、表面角化過度或形成小潰瘍。角化物、炎性滲出物、脫落上皮細胞、白細胞、細菌等混合形成干酪樣物的栓子，塞于小窩口。

長期炎癥可致扁桃體內(nèi)小血管閉塞，淋巴組織變性，逐漸為結(jié)締組織代替，此后扁桃體日益縮小，最后導致扁桃體纖維化。小窩口因瘢痕而狹窄，其內(nèi)容物難以排除，常成為病灶。

扁桃體是咽喉腔的一種淋巴組織，在咽部和口腔交界處的兩側(cè)面。是呼吸道的“屏障”。因為扁桃體內(nèi)含抗感染的細胞，所以可以過濾病菌并產(chǎn)生抗體，保護呼吸道和食道不受病菌侵入。所以一旦有病菌入侵人體，扁桃體的作用就開始顯現(xiàn)出來，這也就是為什么扁桃體出現(xiàn)腫大，患者感覺咽喉部不適的主要原因?？偟膩碚f病毒感染占了絕大多數(shù)。例如最常見的流行性感冒病毒、副流行性感冒病毒等都是使得扁桃體發(fā)炎的罪魁禍首。