1、結腸癌的鑒別診斷主要是結腸炎性疾病，如腸結核、血吸蟲病、肉芽腫、阿米巴肉芽腫、潰瘍性結腸炎以及結腸息肉病等。臨床上鑒別要點是病期的長短，糞便檢查寄生蟲，鋇灌腸檢查所見病變形態(tài)和范圍等，最可靠的鑒別是通過結腸鏡取活組織檢查。

闌尾周圍膿腫可被誤診為盲腸癌（結腸癌），但本病血象中白細腸及中性粒細胞增高，無貧血、消瘦等惡病質，作鋇灌腸檢查可明確診斷。

2、直腸癌往往被誤診為痔、細菌性痢疾、慢性結腸炎等。誤診率高達60%～80%，其主要原因是沒有進行必要的檢查，特別是肛門指診和直腸鏡檢查。

3、結腸其他腫瘤如結腸直腸類癌，瘤體小時無癥狀，瘤體長大時可破潰，出現(xiàn)極似結腸腺癌的癥狀；原發(fā)于結腸的惡性淋巴瘤，病變形態(tài)呈多樣性，與結腸癌常不易區(qū)別。均應作組織涂片活檢來鑒別之。