C-erbB2癌基因：在正常乳腺組織中呈低表達，在乳腺癌組織中表達率可增高，其表達與乳腺癌分級、淋巴結轉移和臨床分期呈正相關，表達率越高，預后可能也就越差。Cerb-B2同時也是Her-2基因表達過程中作用通道，若Cerb-B2檢測為（-）或（+），則Her-2基因為無擴增，Cerb-B2（++）則Her-2基因可疑陽性；Cerb-B2（3+）則Her-2基因為擴增狀態(tài)。

P53基因：免疫組化中P53為野生型基因，p53突變率高的乳腺癌細胞增殖活力強、分化差、惡性度高、侵襲性強和淋巴結轉移率高。

COX-2（cyclooxygenase-2）：乳腺癌組織中存在COX-2的表達。COX-2可能是臨床評價病人預后、識別術后復發(fā)的高危險性病人很有實用價值的指標。

Ki-67：與乳腺癌尤其是淋巴結轉移陰性患者的預后相關，有助于確定是否采用輔助性化學治療。

E-cadherin：黏附分子，可作為乳腺癌的判斷預后指標。

PS2：在預測內分泌治療反應方面，PS2比ER測定可能更有用，PS2的表達是乳腺癌內分泌治療反應的最好指標。

p63：p63基因本身是一個抑癌基因，p63在乳腺癌的發(fā)生、發(fā)展過程中起著重要的作用；檢測可為乳腺癌的早期診斷、及時治療及預后判斷提供必要的理論依據(jù)。

Calponin：在乳腺正常組、增生組、不典型增生組中，幾乎所有的肌上皮細胞表達p63、α-SMA和Calponin，而所有的腺上皮細胞3種抗體均為陰性；有助于判斷浸潤癌、原位癌及不典型增生。

SMA（smoothmuscleactin）：平滑肌肌動蛋白是可靠的標記抗體。從乳腺正常組織、良性病變到原位癌，早期浸潤和浸潤性癌，ME的消失是一逐漸發(fā)展的過程。

CyclinD1：CyclinD1的高表達可能在人乳腺癌的發(fā)生、發(fā)展中起重要作用。在乳腺癌中高表達的臨床意義是：CyclinD1的表達與腫瘤大小、TNM分期及腋淋巴結轉移相關。