由于宮腔內人工授精需要把精子注入子宮腔，有并發(fā)生殖道感染的可能。國外已有宮腔內人工授精合并盆腔感染的報告，但發(fā)生率低。另外，由于宮腔內人工授精常采用促排卵治療，有發(fā)生卵巢過度刺激綜合征的可能，其中嚴重過度刺激綜合征發(fā)生率約為1%，可通過B超監(jiān)測卵泡發(fā)育進行監(jiān)測。多胎妊娠與流產也是其合并癥之一。專家表示，人工授精無論是AID還是AIH，雖然操作并不復雜，但都不是絕對安全的，稍不注意即有引起種種并發(fā)癥的可能。常見的并發(fā)癥有：

1、感染

主要與操作人員的無菌觀念不強，以及精液中無法保持絕對無菌有關。有因人工授精引起附件炎和盆腔炎的報道。人工授精后應用適當?shù)目股赜幸欢A防作用。

2、出血和損傷

主要與操作方法欠當，使用的器械不當（過于簡陋）和操作粗暴、不熟練有關。

3、下腹部疼痛

多因精液注入速度過快、壓力過多以致發(fā)生子宮痙攣性收縮而疼痛。若做子宮腔內授精，如注入的精液過多，精液可經輸卵管流入腹腔，引起刺激性下腹痛。

4、誘發(fā)子宮內膜異位癥

這個比較少見，多因宮腔內授精注入精液過快過多、壓力過高所致。

5、潛在的醫(yī)學倫理學、遺傳學危險

在AID中，當一份供精者的精液為兩名以上婦女授精后，這些婦女所生的子女從血緣關系上將屬于同父異母的兄弟姐妹。由于AID的保密性，這些同父異母的子代是不能也無法相互認識的。他們成年后萬一恰巧成婚，即將造成血緣婚姻，可能會產生對下一代的遺傳性危害，盡管這種巧合發(fā)生的帆會很少。