1、遺傳因素：部分患兒與遺傳因素有關(guān)，遺傳因素對(duì)孤獨(dú)癥的作用已趨于明確，患本病的兒童同胞中有2%～6%患本病，單卵雙生子同病率高達(dá)36%。

2、腦器質(zhì)性損害：如產(chǎn)傷、宮內(nèi)窒息、中毒、感染等，15%～50%的患兒伴癲癇發(fā)作、腦電圖異常、腦CT、磁共振有非特異性改變。有的伴有神經(jīng)系統(tǒng)體征、軀體畸形等。先天性風(fēng)疹病毒感染、巨細(xì)胞病毒感染均可能與孤獨(dú)癥發(fā)病有關(guān)。

3、免疫功能異常：具有免疫功能的淋巴細(xì)胞數(shù)量減少，活性減低，抵抗感染的功能下降。

4、神經(jīng)內(nèi)分泌和神經(jīng)遞質(zhì)：兒童行為與神經(jīng)遞質(zhì)密切相關(guān)。有研究資料，認(rèn)為中樞神經(jīng)系統(tǒng)5-羥色胺和（或）多巴胺活性下降。伴有下丘腦功能障礙則可產(chǎn)生孤獨(dú)癥。也有認(rèn)為本癥表現(xiàn)孤獨(dú)、與別人建立不起感情等癥狀是因腦內(nèi)啡呔類(lèi)物質(zhì)的神經(jīng)遞質(zhì)作用異常所致。

5、認(rèn)知缺陷因素：有人提出了認(rèn)知功能與社會(huì)功能相關(guān)的學(xué)說(shuō)，認(rèn)為心理認(rèn)知缺陷損害了孤獨(dú)癥患兒對(duì)他人精神狀態(tài)的理解能力，導(dǎo)致社會(huì)交往能力的缺乏，甚至對(duì)待人就像對(duì)待無(wú)生命的物體，常錯(cuò)誤理解別人有意識(shí)的行為。

6、多種病因：許多研究表明、孤獨(dú)癥常與某些疾病同時(shí)存在，如脆性X綜合征、結(jié)節(jié)性硬化、肌營(yíng)養(yǎng)不良、先天性風(fēng)疹、苯丙酮尿癥以及瞟呤代謝病等，故認(rèn)為孤獨(dú)癥是一個(gè)多種病因的神經(jīng)綜合征。

由此可見(jiàn)，許多學(xué)者從不同的角度探討孤獨(dú)癥的原因，也有少數(shù)做到某些生物學(xué)基礎(chǔ)，但導(dǎo)致孤獨(dú)癥病因的性質(zhì)，目前還不大清楚，有待研究闡明。雖然對(duì)小兒自閉癥發(fā)病原因的研究尚沒(méi)有實(shí)質(zhì)性的突破。但那種認(rèn)為自閉癥是由于后天環(huán)境原因所致的說(shuō)法已被否定。目前一致認(rèn)為患兒腦部的損傷在出生前或產(chǎn)程中就已經(jīng)發(fā)生了。