原因一：消化系統(tǒng)疾病及功能紊亂，患系統(tǒng)性疾病的患者易發(fā)生口腔潰瘍，主要是通過影響免疫系統(tǒng)而致病?？谇粷兣c胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性結(jié)腸炎、局限性腸炎、肝炎等有關(guān)。研究表明：30%-48%的口腔潰瘍患者有消化道疾病，如腹脹、腹瀉或便秘等情況。其中9%以上有消化道潰瘍。

原因二：內(nèi)分泌變化，有些女性患者往往在月經(jīng)期發(fā)生，可能與體內(nèi)雌激素量下降有關(guān)。有些女性每逢經(jīng)期或行經(jīng)前后就會(huì)出現(xiàn)口腔潰瘍，用藥治療只能暫時(shí)緩解，下月行經(jīng)時(shí)依然如故地出現(xiàn)，疼痛難忍，與此同時(shí)，還常伴有口干、心煩、易怒和大便干結(jié)等令人煩惱的癥狀。臨床研究發(fā)現(xiàn)，月經(jīng)期出現(xiàn)口腔潰瘍主要是由于體內(nèi)黃體酮水平增高而雌激素（孕酮等）的水平降低所致。

原因三：其他因素，如缺乏微量元素鋅、鐵、葉酸、維生素B12、營養(yǎng)不良等，可降低免疫功能，增加復(fù)發(fā)性口腔潰瘍發(fā)病的可能性。病毒可能是口腔潰瘍的始動(dòng)因子，但目前尚未在患者血清中查出相關(guān)抗體，亦未見從口腔潰瘍病損組織中分離出病毒的報(bào)道。