月經第三天同房懷孕率與安全期存在顯著差異，這與女性生理周期、排卵時間、精子存活時間、內分泌影響、婦科疾病等因素有關。

1. 女性生理周期：女性的生理周期并非完全固定，每個月的月經周期、經期時長等都可能有所波動。正常的月經周期一般為21 - 35天，經期為2 - 8天。在月經第三天，通常處于經期，多數(shù)女性此時不會排卵，但也有少數(shù)女性生理周期紊亂，可能會提前排卵。而安全期是根據(jù)正常生理周期推算出來的不易受孕的時間段，但由于周期的不穩(wěn)定性，安全期并非絕對安全。

2. 排卵時間：一般情況下，排卵多發(fā)生在下次月經來潮前14天左右。但排卵過程受多種因素影響，如情緒、環(huán)境、壓力等。在月經第三天，正常情況下卵泡還處于發(fā)育階段，尚未成熟排卵。然而，當女性受到外界因素刺激時，可能會導致排卵提前，此時如果在月經第三天同房，就有懷孕的可能。而在安全期，排卵的可能性相對較小，但不能完全排除意外排卵的情況。

3. 精子存活時間：精子在女性生殖道內具有一定的存活時間，一般為2 - 3天。如果在月經第三天同房，精子有可能在女性體內存活到排卵時間，從而與卵子結合導致懷孕。而在安全期，由于距離排卵時間較遠，即使有精子進入體內，在卵子排出前精子可能已經失去活性，懷孕的幾率相對較低。

4. 內分泌影響：內分泌系統(tǒng)對女性的排卵和月經周期起著重要的調節(jié)作用。當內分泌失調時，可能會導致排卵異常。例如，長期的精神緊張、焦慮、生活不規(guī)律等都可能影響內分泌，使排卵時間提前或推遲。在月經第三天，如果內分泌失調導致提前排卵，就會增加懷孕的風險。而在正常的內分泌狀態(tài)下，安全期的排卵規(guī)律相對穩(wěn)定，懷孕率較低。

5. 婦科疾病：某些婦科疾病也可能影響排卵和受孕幾率。例如，多囊卵巢綜合征患者的排卵往往不規(guī)律，可能會出現(xiàn)稀發(fā)排卵或無排卵的情況，但也有可能在月經第三天左右意外排卵。此外，子宮內膜異位癥、盆腔炎等疾病也可能影響生殖系統(tǒng)的正常功能，增加懷孕的不確定性。在月經第三天同房，如果存在這些婦科疾病，懷孕的幾率可能會高于正常情況。而在安全期，患有婦科疾病的女性同樣可能因為疾病導致排卵異常，使懷孕率與正常情況有所不同。

月經第三天同房懷孕率與安全期存在明顯差異，這是由多種因素共同作用的結果。女性的生理周期、排卵時間、精子存活時間、內分泌影響以及婦科疾病等都會影響受孕的幾率。因此，不能簡單地認為月經第三天或安全期就絕對不會懷孕。為了避免意外懷孕，無論在哪個時期同房，都應采取科學有效的避孕措施。如果對自己的生理狀況有疑問或出現(xiàn)異常情況，建議及時到正規(guī)醫(yī)院的婦產科或生殖健康科就診。